故事發生在二十一世紀末的日本魔法這不是一個傳說而是現代科學的一項技術它被應用至今已經過了一個世紀曾經被稱為“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”這個名字的體系替代高超的的魔法師被認為是國家的實力力西歷 2095 年的春天新生入學的季節國立魔法大學附屬第一高校——通稱“魔法科高校”是由成績優秀的“一科生”和作為一科生替補的“二科生”所構成他們也各自被冠上了“花冠（bloom）”以及“雜草（weed）”之名就在這樣的魔法科高校里一對兄妹入學了兄長是擁有著缺陷的劣等生妹妹是完美無缺的的優等生無論什么事都抱著達觀態度的劣等生兄長和對他抱著作為血親以上感情的優等生妹妹隨著這兩人進入這間精英學校的大門這平穩的學院也開始了騷亂的日常