平凡小鎮生活在五口之家的普通小學生高町奈葉（田村由香里 配音）與好友月村鈴鹿（清水愛 配音）和愛麗莎·巴尼斯（釘宮理惠 配音）過著無憂無慮的生活這一日她們偶然發現一只類似水貂的動物尤諾·斯克萊亞（水橋香織 飾）受傷的尤諾得到奈葉等人的救助誰知接下來小鎮便連續出現各種怪物在尤諾的幫助下奈葉利用Rising Heart變身成為魔法少女擊敗了入侵的怪獸并且得知關于能量結晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命此后的日子里她為了成為合格的魔法少女背著好友們展開修行這一晚神秘魔法少女菲特·泰斯特羅莎（水樹奈奈 配音）突然出現與奈葉展開激戰　　她們之間的夙緣由此展開……