來自異次元的種族MU占領了東京并將城市隱藏在巨大的防護壁之后他們欺騙在東京生活的人們他們已經成為世界上僅存的人類在防護壁之外名為“TERRA”的反MU組織聲勢漸漸壯大某日在同MU激烈交火之時一位名為神名綾人（下野紘 配音）的平凡少年意外的來到了位于東京灣的地下神殿之中在這里綾人見到了巨型機器人“Rahxephon”并且成為了它的駕駛者　　在神秘女子的紫東遙（久川綾 配音）的帶領下綾人來到了防護壁之外加入了TERRA并且在那里遇見了名為如月久遠（桑島法子 配音）的女子MU組織對TERRA發起了進攻當TERRA的存亡陷入危機之中時綾人再一次駕駛著Rahxephon成為了這個組織的救世主