第二集中尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”他的身體在真實世界的飛船上陷于昏迷思想卻被困在介于“母體”和真實世界的中間地帶這個地方由“火車人”控制墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況在守護天使的帶領下 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇經過一番激斗將尼奧救了出來　　此時電子烏賊部隊對錫安發起了猛烈的攻擊人類組織所有機甲戰士展開頑強的抵抗形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難到達機器城市尼奧終于見到了機器世界的統治者“機器大帝”雙方談判并達成了協議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯以換取錫安的和平　　在“母體”中尼奧和史密斯展開了關系人類生死存亡的最后決斗